会计集中支付核算是以集中资金为基础，统一核算为手段，加强财政资金收支管理为目标的一种财政管理模式，是我国当前和今后财政体制改革的一项重要内容。大多数地方成立了县财政国库支付核算中心，实行“单一账户、集中支付、统一核算”的管理办法，统一办理资金结算，集中进行会计核算。这一改革对提高财政理财能力，规范会计行为，加强会计核算和廉政建设等起到了十分重要的作用，但仍有许多需要完善的地方。
当前实行会计集中支付核算存在的主要问题
缺乏规范的预算管理基础。实行会计集中核算，改变了单位分散管理财政性资金的现状，实现了财政性资金的统一管理和集中收付。但是由于我国当前的预算管理制度还不健全，还没有建立一套科学的公共支出预算管理体系，同时，预算监督机制也很不健全，人大、审计等部门的监督职能相对弱化，预算执行不力的矛盾较突出。
实行集中统一核算，支付核算中心接受支付申请的依据是单位的预算指标，没有预算指标或超预算指标的支付申请，支付核算中心有权予以拒绝，从而起到强化预算约束的作用。所以，集中统一核算有赖于预算编制的相应改革，也就是说预算要细编，实行部门预算，支出预算要细化到每个部门及每个项目，对政府的各项支出要按支出类别和性质编制专项支出项目库，核算中心根据细编的预算指标办理各项资金支付。而目前纳入核算中心管理的单位在实行部门预算规范化方面尚有差距，在支出方面随意性仍然存在，预算对支出的控制和约束力弱。
会计核算与财产物资管理相脱节。集中核算将记账、算账、报账等工作进行了集中，而对实物、资产、合同等需要反映的经济事项分散在单位，造成会计管理难以深入，虽然强化了会计核算职能，但弱化了会计监督职能。单位的会计活动是财政管理的重要组成部分，撤销会计机构，取消会计岗位，给财政的会计管理工作带来很大的影响。
财政性票据的发放、使用、缴销和管理脱节。财政性票据种类繁多，涉及到处罚、收费、往来等达20余种，纳入集中支付核算的95%以上的单位都领有财政性票据。从目前的运作现状来看，财政性票据的发放和收缴在财政，使用在单位，记账在支付核算中心，而单位领取了哪些票据、何时领取、领取了多少，支付核算中心不知晓，难免造成单位收取了财政性资金而不及时缴金库或缴专户、截留或挪用财政性资金。
缺乏可行的统一经费开支标准。由于现行的经费开支标准远远落后于实际，给会计人员的实际操作带来困难。比如现行的差旅费、接待费开支标准与实际支出有较大差距，在报账业务的审核中，支付核算中心把关较为困难；各预算单位执行不统一的经费开支标准，或者没有按经费开支标准规定执行，一些预算单位自立名目发放福利奖金的现象时有发生，这就经常会产生对某一支出项目预算单位请求支付与核算中心拒绝支付的矛盾。
纳入集中支付核算的单位、资产产权界定尚不彻底。个别部门下属事业单位和国有资产经营实体尚未纳入改革范围，为单位转移收支、私设小金库留下了空间，影响了改革的效果。
相关政策不配套，国库集中支付核算改革缺少可靠的法律依据。由于国库集中支付制度改革是继《会计法》、《预算法》等法律法规实施后产生的一新生事物，其有关法律基础及相关政策还不配套，如集中支付核算的模式问题、会计责任主体问题、机构的性质、法律地位、后勤保障问题等尚无法律定论，都亟待进一步明确。
对完善集中支付核算的建议
强化预算管理，建立一套科学的公共支出预算管理体系。部门预算是一个涵盖部门所有公共资金的完整预算，其预算编制以部门为单位，将各类不同性质的各项财政资金均统一反映在该部门的年度预算之中。部门预算的编制采用综合预算形式，统筹考虑部门和单位的各项资金，将预算内外资金全部纳入政府综合财政预算管理。因此，要进一步推行预算管理改革，制定科学、符合实际的定员定额标准，改进和完善预算支出科目体系，早编细编预算。通过提前编制预算，延长预算编制时间，使预算细化到各个部门及各个项目，提高预算的科学性、合理性。预算单位所有的财政支出都要严格按规定标准和相应的科目列入预算，预算一经审核批准，财政部门和预算单位都要严格按预算执行；财政部门要对各部门实行从预算编制、预算下达、资金拨付到资金使用的全过程监督管理，并追踪问效，切实强化预算管理，为支付核算中心运行提供良好的外部环境。
转变会计职能，从单一核算型向核算和监督并重型转化。目前支付核算中心日常主要的工作是资金支付和会计核算，然而，如果将支付核算中心仅仅作为一个记账机构是远远不够的，更要着重预算执行信息的反馈和控制。必须加强预算资金支付的事前控制，在决定资金支付之前应确定是否应该支付、如何支付，而不能到支付完了事后才来明确。核算中心工作人员在收到预算单位支付申请后应确定是否可以支付（即是否符合有关政策规定）、如何支付（即占用何指标、列支何科目），然后才可以通知银行付款。由于财政性资金集中管理后，财政资金管理的风险也大为集中，必须加强内控，建立内部制约机制，防范风险；加强对财政性资金收支事项真实性、效益性、安全性的审查，每一笔支出都应实行事前审核，核对金额，在保证凭证真实、准确、合理、合法后，才能通知银行付款；建立大额费用审批制度、超指标审批制度、超用款计划审批制度、大额借款审批制度以及预算单位的财产物资管理制度等内控制度，明确责任；支付核算中心还要主动接受财政内部监督部门、审计等职能部门的监督，向预算单位反馈资金支付的信息，与单位形成相互牵制的机制。
开通远程报账系统和远程查账系统。核算中心工作人员主要的工作量花在凭证的整理和摘要的输入上，实现远程报账后工作人员只需花审核和修改的时间，从而大大地减少工作量，这样就可以有更多的精力从事单位的财务和预算管理工作。对单位而言，报销和凭证的输入工作可以在几天的时间里分散进行，到中心报账时可以减少报账等候时间，另外还可以根据自己单位工作的特点和需求设置一些明细科目，有利于对单位进行财务管理。整个管理流程完全自动化，单位、前台、后台之间数据资源完全共享，避免了重复劳动，从而大大提高了工作效率。开通远程查账系统，可以使单位及时了解单位预算执行情况、财务收支情况等，增进核算中心与单位之间的会计信息交流。
